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摘要：本发明涉及组合物和方法，所述组合物和方法用于通过在扩增和测序之前，用任选的外切核酸酶处理修饰或封闭从多个样品汇集的编索引indexed的多核苷酸的5’末端和3’末端来提高用于多重下一代测序的编索引的核酸文库制备物中的正确样品鉴定率。

主权项：1.一种用于制备用于多重化测序的文库的方法，所述方法包括：提供第一文库，所述第一文库包含具有第一衔接子-靶-第一衔接子序列的第一多于一个多核苷酸，其中所述第一多于一个多核苷酸的多核苷酸在包含所述靶和在所述靶的两个末端的所述第一衔接子的至少一部分的区域是双链的；提供第一引物寡核苷酸，所述第一引物寡核苷酸被配置为在所述第一衔接子的链的3’末端附近与所述第一衔接子的一部分杂交，其中所述第一引物寡核苷酸的5’末端被修饰以防止被具有5’外切核酸酶活性的酶消化；提供第二引物寡核苷酸，所述第二引物寡核苷酸被配置为在所述第一衔接子的互补序列的链的3’末端附近与所述第一衔接子的一部分的所述互补序列杂交，其中所述第二引物寡核苷酸的5’末端被修饰以防止被具有5’外切核酸酶活性的酶消化；提供第二文库，所述第二文库包含具有第二衔接子-靶-第二衔接子序列的第二多于一个多核苷酸，其中所述第二多于一个多核苷酸的多核苷酸在包含所述靶和所述靶的两个末端的所述第二衔接子的至少一部分的区域是双链的；提供第三引物寡核苷酸，所述第三引物寡核苷酸被配置为在所述第二衔接子的链的3’末端附近与所述第二衔接子的一部分杂交，其中所述第三引物寡核苷酸的5’末端被修饰以防止被具有5’外切核酸酶活性的酶消化；提供第四引物寡核苷酸，所述第四引物寡核苷酸被配置为在所述第二衔接子的互补序列的链的3’末端附近与所述第二衔接子的一部分的互补序列杂交，其中所述第四引物寡核苷酸的5’末端被修饰以防止被具有5’外切核酸酶活性的酶消化；将所述第一文库与所述第一引物寡核苷酸和所述第二引物寡核苷酸在适于扩增所述具有第一衔接子-靶-第一衔接子序列的第一多于一个多核苷酸的条件下在溶液中孵育，以产生具有被修饰以防止被具有5’外切核酸酶活性的酶消化的5’末端的扩增的第一文库多核苷酸，其中所述扩增的第一文库多核苷酸具有扩增的第一衔接子-靶-扩增的第一衔接子序列，并且其中所述扩增的第一衔接子包含第一文库特异性序列；将所述第二文库与所述第三引物寡核苷酸和所述第四引物寡核苷酸在适于扩增具有第二衔接子-靶-第二衔接子序列的第二多于一个多核苷酸的条件下在溶液中孵育，以产生具有被修饰以防止被具有5’外切核酸酶活性的酶消化的5’末端的扩增的第二文库多核苷酸，其中所述扩增的第二文库多核苷酸具有扩增的第二衔接子-靶-扩增的第二衔接子序列，并且其中所述扩增的第二衔接子包含第二文库特异性序列；修饰所述扩增的第一文库多核苷酸的3’末端，以防止i或ii的一种或两种：i被具有3’外切核酸酶活性的酶消化，或ii被具有聚合酶活性的酶将核苷酸添加到所述扩增的第一文库多核苷酸的3’末端，从而产生具有修饰的5’末端和3’末端的受保护的第一文库多核苷酸；以及修饰所述扩增的第二文库多核苷酸的3’末端，以防止i或ii的一种或两种：i被具有3’外切核酸酶活性的酶消化，或ii被具有聚合酶活性的酶将核苷酸添加到所述扩增的第二文库多核苷酸的3’末端，从而产生具有修饰的5’末端和3’末端的受保护的第二文库多核苷酸；其中在所述修饰之前或在所述修饰之后，所述第一文库和所述第二文库被汇集。

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