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基于成像的混合CRISPR筛选 

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摘要:本发明涉及对细胞成像,用于确定细胞群体的表型和或基因型或构建用于高通量筛选的基因型‑表型对应关系。可以使用CRISPR或其他技术操作细胞。核酸可使用慢病毒引入至细胞中。所述核酸可以含有:包含DNA或RNA识别序列的向导部分、报告基因部分和包含一个或多个读取序列的标识部分。所述向导部分可以用来改变细胞的表型,例如使用可以用CRISPR或其他技术靶向的序列,例如sgRNA序列,并且细胞的表型可以使用各种成像方式确定。所述标识部分可以使用MERFISH或其他合适的技术确定。另外,报告基因和读取序列的确定之间的关联或共定位可以大幅提高解码精确度。其他方面涉及用于该方法的组合物或装置、试剂盒等。

主权项:1.一种用于对多个哺乳动物细胞中改变的表型和相应的基因型成像的高通量筛选方法,所述方法包括:a将DNA引入至所述多个哺乳动物细胞中,所述DNA包含:包含识别序列的向导部分、报告基因部分和包含读取序列的标识部分,其中所述向导部分操作性的连接至第一启动子,并且所述报告基因部分和所述标识部分操作性的连接至第二启动子;b通过确定所述报告基因部分来确定所述多个哺乳动物细胞内由被引入的DNA的所述报告基因部分表达的RNA分子的位置,其中标记的寡核苷酸与所表达的RNA杂交并成像;c通过将所述哺乳动物细胞暴露于能够与所述读取序列结合的读出探针来确定在所述多个哺乳动物细胞内由所引入的包含所述报告基因部分和所述标识部分的DNA表达的所述RNA分子上的读取序列;d将所述读出探针的结合与由所引入的DNA的所述报告基因部分表达的所述RNA分子的位置共定位;e使用不同的读取序列反复进行b、c和d多次;和f形成与所共定位的读出探针的结合对应的码字,其中所述码字的位数值基于所述读出探针与所述读取序列的结合,并且其中所述共定位提高所产生的码字的解码准确度。

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