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申请/专利权人：中国科学院大学;中国科学院植物研究所

摘要：本发明属于药学分析技术领域，且公开了基于分子对接和分子动力模拟筛选的药物化合物库中的潜在脂肪酸合酶FASN抑制剂试验方法，该分子对接和分子动力模拟筛选的药物化合物库中的潜在FASN抑制剂试验方法具体操作步骤如下：S1、分子对接；S2、分子动力学模拟；S3、细胞活力检测‑MTT法；S4、蛋白质免疫印迹；S5、细胞周期检测。本发明通过采用分子对接与分子动力学模拟搭配工作，整个分析实验主要是就是分析了FDA化合物库中的化合物对FASN的TE活性中心的结合能力，通过打分排序，确定了分数最低结合能力最强的化合物Adapalene，随后通过多种细胞实验验证，证明Adapalene确实具有抑制FASN活性的能力，且对癌细胞具有多种活性，从而来达到实验的目的。

主权项：1.基于分子对接和分子动力模拟筛选的药物化合物库中的潜在FASN抑制剂试验方法，其特征在于：该分子对接和分子动力模拟筛选的药物化合物库中的潜在FASN抑制剂试验方法具体操作步骤如下：S1、分子对接；S2、分子动力学模拟；S3、细胞活力检测-MTT法；S4、蛋白质免疫印迹；S5、细胞周期检测；S6、细胞增殖检测；S7、细胞凋亡检测；S8、细胞划线实验；S9、细胞内FASN酶活检测；S1步骤中分子对接具体操作步骤如下：1使用Openbabel软件将自ZINC网站打包下载的文件拆分成多个含单个小分子化合物的配体mol2文件；2批量创建文件夹，并按数字序号依次命名；3批量将配体放入文件夹中，并将配体统一命名；S2步骤中分子动力学模拟具体操作步骤如下：拓扑文件准备1在Linux环境下安装Gromacs软件，下载CHARMM36力场并置于工作目录下；2使用PyMOL软件检查受体pdb文件，去除可能包含的结晶水和小分子配体等结构并置于工作目录；3通过pdb2gmx指令生成将受体gro、top、itp拓扑文件；4配体拓扑文件的准备5使用Avogadro程序将配体pdb文件添加氢原子并生成mol2文件；6借助sort_mol2_bonds.pl脚本修正配体mol2文件；7通过CGenFF将配体mol2文件转换为str文件；8借助cgenff_charmm2gmx.py脚本将str文件转化为itp、prm、top、pdb等文件；蛋白质受体复合体的构建1通过editconf指令将配体pdb文件转换成gro文件；2将配体的坐标信息添加到受体gro文件；3将配体的拓扑信息写入受体topol.top文件，并在molecules部分添加配体信息；定义盒子并添加溶剂1通过editconf指令将复合体放入盒子中，并将复合物与盒子边界的最小距离设定为1.0nm；2通过solvate指令在盒子中添加水分子；3将ions.mdp置于工作目录，通过grompp和genion指令往盒子中添加离子平衡体系中的电荷；能量最小化1将em.mdp置于工作目录，通过grompp和mdrun指令使体系的能量最小化；2平衡3通过make_ndx指令给配体创建一个包含氢原子之外所有原子的索引组；4通过genrestr指令输出配体施加位置限制的itp文件；5将itp文件写入受体topol.top文件；热浴1将nvt.mdp置于工作目录中，通过grompp和mdrun指令执行NVT平衡；2将npt.mdp置于工作目录中，通过grompp和mdrun指令执行NPT平衡；正式模拟1将md.mdp置于工作目录中，通过grompp和mdrun指令运行50nsMD模拟。

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百度查询： 中国科学院大学 中国科学院植物研究所 基于分子对接和分子动力模拟筛选的药物化合物库中的潜在FASN抑制剂试验方法