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申请/专利权人：之江实验室
摘要：本发明公开了一种基于GraphSAGE的空间转录组解卷积确定细胞类型的方法及装置，属于生物计算领域，包括：使用逻辑回归得到单细胞测序数据中的标记基因；根据标记基因，从单细胞测序数据中随机选择若干细胞类型并抽取对应的细胞构建细胞库，从细胞库中随机选择若干细胞组成伪位置点；基于真实位置点和伪位置点的节点表达量矩阵和点之间的欧式距离，构建K邻近图以及图邻接矩阵；将图邻接矩阵和节点表达量矩阵输入GraphSAGE中，从而输出其中的细胞类型比例。本发明利用空间转录组和单细胞测序数据的表达量相似性，通过构建图邻接矩阵，输入GraphSAGE模型中对邻域节点进行学习，提升了真实位置点的细胞类型比例预测精度。
主权项：1.一种基于GraphSAGE的空间转录组解卷积确定细胞类型的方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1：采用原位测序技术，获取空间转录组中空间点的节点表达量矩阵，所述空间点作为真实位置点，使用逻辑回归从单细胞RNA测序数据中确定标记基因；步骤2：根据标记基因，从单细胞RNA测序数据中随机选择若干个细胞类型并抽取对应的细胞构建细胞库，从细胞库中随机选择若干细胞组成伪位置点并计算伪位置点的节点表达量矩阵；步骤3：根据节点表达量矩阵计算欧式距离，得到伪位置点间的伪距离矩阵、真实位置点间的真实距离矩阵、伪位置点和真实位置点间的联结距离矩阵，根据伪距离矩阵、真实距离矩阵和联结距离矩阵，采用K最近邻算法，得到伪位置点和真实位置点间的K邻近图及K邻近图对应的图邻接矩阵；步骤4：基于GraphSAGE构建解卷积模型，将节点表达量矩阵、图邻接矩阵输入解卷积模型进行节点信息聚合，输出真实位置点中的细胞类型比例。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 之江实验室 基于GraphSAGE的空间转录组解卷积确定细胞类型的方法及装置
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