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申请/专利权人：青岛兴牧畜牧科技发展有限公司

摘要：本发明提供了一种利用16SrRNA基因测序技术检测里岔黑猪肠道菌群辅助育种的方法，属于生物技术分子育种技术领域。包括：提取里岔黑猪粪便的总DNA并扩增，建库测序后分析得到与饲料利用率相关的普氏菌属、密螺旋体属、瘤胃球菌属和乳酸杆菌属的相对丰度信息和肠道微生物ɑ‑多样性指数，来辅助里岔黑猪育种。本发明通过检测里岔黑猪肠道菌群，辅助选择具有高饲料利用率的个体，通过与分子育种结合，可以极大提高育种效率，最终降低里岔黑猪养殖成本。

主权项：1.一种利用16SrRNA基因测序技术检测里岔黑猪肠道菌群辅助育种的方法，其特征在于，包括以下步骤：1）提取里岔黑猪粪便的总DNA，以所述总DNA为模板进行PCR扩增，得到扩增产物，将所述扩增产物进行建库并测序，得到原始测序序列；2）将所述步骤1）得到的原始测序序列使用fastp软件进行质控，并使用FLASH软件进行拼接，过滤得到优化序列；3）使用UPARSE软件根据97%的相似性对步骤2）得到的优化序列进行OTU聚类，得到与OTU代表序列相似性在97%以上的序列；4）采用RDPclassifier贝叶斯算法对步骤3）所述的与OTU代表序列相似性在97%以上的序列进行分类学分析，得到与饲料效率相关的普氏菌属、密螺旋体属、瘤胃球菌属和乳酸杆菌属的相对丰度信息；5）根据OTU数目和相似性在97%以上的序列信息，计算里岔黑猪肠道微生物的ɑ-多样性指数；6）根据步骤4）得到的相对丰度信息和步骤5）得到的ɑ-多样性指数辅助里岔黑猪育种；所述肠道微生物的ɑ-多样性指数越低，肠道微生物群落多样性越高，所述里岔黑猪的饲料利用率越高；所述普氏菌属的相对丰度信息越高，所述里岔黑猪的饲料利用率越低；所述密螺旋体属、瘤胃球菌属和乳酸杆菌属的相对丰度信息越高，所述里岔黑猪的饲料利用率越高；所述步骤5）ɑ-多样性指数包括Simpson指数；所述步骤1）PCR扩增使用的引物包括上游引物338F和下游引物806R；所述上游引物338F的核苷酸序列如SEQIDNo.1所示；所述下游引物806R的核苷酸序列如SEQIDNo.2所示；所述步骤4）分类学分析包括：比对Silva16SrRNA数据库，设置比对阈值为70%。

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