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摘要：本公开内容的实施方案包括亚细胞区室或结构的高通量剖析，包括基于小滴的单细胞总RNA‑seq方法，其使得能够剖析定位在特定亚细胞区室或结构中的转录物。在特别的实施方案中，本公开内容提供了单个核的转录物组剖析，其允许仅使用可以应用于细胞类型特异性lncRNA种类的全组织鉴定的长链非编码RNA种类来构建细胞图册。
主权项：1.产生代表与亚细胞区室或结构相关的RNA的文库的方法，其包括下列步骤：a固定细胞材料，所述细胞材料是或者包含一个或多个亚细胞区室或结构，从而将与所述结构相连结的RNA系固至所述结构；b使所述亚细胞区室或结构和所述RNA经历第一引物以生成与在所述RNA中的一个或多个不同区域互补的第一互补多核苷酸的集合，由此产生在所述RNA和第一互补多核苷酸之间的杂合分子，所述杂合分子与所述亚细胞区室或结构相连结，其中所述第一引物包含随机序列，或仅三种类型的核苷酸的随机序列，或仅两种类型的核苷酸的随机序列，和衔接子；c在所述杂合分子中的第一互补多核苷酸的3’末端上生成共同尾序列，其中所述共同尾序列与第二引物互补；d1将所述亚细胞区室或结构和RNA包囊在具有颗粒的微观体积或显微体积区室中，所述颗粒包含与之相连结的所述第二引物，所述第二引物还包含一个或多个独特分子标识符序列UMI和一个或多个条形码，所述条形码包含使得能够汇集所希望的多核苷酸的已知序列；从所述珠粒上释放所述引物；或者d2将所述杂合分子暴露于包含所述第二引物的基材，所述第二引物还包含一个或多个独特分子标识符序列UMI和一个或多个条形码，所述条形码包含使得能够汇集所希望的多核苷酸的已知序列；从所述结构上释放cDNA；e在所述第二引物的至少一部分与所述第一互补多核苷酸的尾杂交后产生第二链合成，由此产生第二互补多核苷酸，其包含所述RNA序列的至少一部分、所述UMI和所述条形码；和f任选地，扩增所述第二互补多核苷酸。
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百度查询： 贝勒医学院 用于大规模亚细胞结构剖析的原位的基于总RNA的转录物组剖析的方法
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