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一种病原微生物物种鉴定方法和系统 

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申请/专利权人:中国科学院微生物研究所

摘要:本发明公开了一种病原微生物物种鉴定方法和系统,涉及物种鉴定技术领域,所述方法包括:S1、对待测基因组进行16SrDNA分析;S2、基于MASH软件估算基因组距离,计算待测基因组和第二参考数据库的一致性,获得基因组距离最近且一致性高于m的物种结果,若所有物种结果的属信息为同1种则鉴定完成,否则进行S3;S3、根据k‑mer丰度和所述物种结果确定物种鉴定结果,鉴定完成。本发明可以做到菌株水平,可以鉴定单一基因组不能准确鉴定的亲缘关系极高的菌株,并在极相近的不同菌株间也可实现精准鉴定,能够满足疾控和临床的需求多样性,不需要花费更多的人工和时间去决定哪些结果条目与人类致病的病原微生物相关。

主权项:1.一种病原微生物物种鉴定方法,其特征在于,包括:S1、对待测基因组进行16SrDNA分析;S2、基于MASH软件估算基因组距离,计算待测基因组和第二参考数据库的一致性,获得基因组距离最近且一致性高于m的物种结果,0.9≤m<1,若所有所述物种结果的属信息为同1种则确定物种鉴定结果,鉴定完成,否则进行S3;S3、根据k-mer丰度和所述物种结果确定物种鉴定结果,鉴定完成。

全文数据:

权利要求:

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