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申请/专利权人：中国农业科学院农业基因组研究所

摘要：本发明公开了一种新的染色质构象捕获insitueHi‑C3.0测序文库制备方法，该方法克服了现有技术染色质交联不充分、酶切片段不完全、酶切对温度和实验条件的依赖高、背景噪音大、超声打断不均匀且成本较高、生物素使用量大、酶切效果不可控等因素，经过改良和优化的insitueHi‑C3.0测序文库制备方法除了克服上述问题，还适用于样品量小的微量细胞建库，更具有普适性和可控性，且制备的文库质量好，数据产出率高。本发明还公开了该方法制备的insitueHi‑C3.0测序文库和该文库在细胞高通量测序或基因组组装或功能基因组学研究中的应用。

主权项：1.染色质构象捕获insitueHi-C3.0测序文库制备方法，其中，所述方法包括如下步骤：S1：收集动物细胞，进行甲醛及EGS双交联：将收集的细胞加入37%甲醛水溶液，使其终浓度为1%，并将培养皿放置在37℃培养箱中孵育10min，然后吸弃上清，加入3 mMEGS室温交联45min；S2：透化裂解细胞膜和细胞核，得到完整包裹的染色质；所述透化裂解细胞膜和细胞核的裂解液为1%PI、0.2%IgepalCA630、10mMTris-HClpH8.0和10mMNaCl;S3：采用CviAII和CviQI内切酶组合在室温进行酶切；S4：对酶切产物进行质量控制：吸取经过酶切反应的体系总体积的115-120样品溶液，用1.2倍XP磁珠纯化细胞DNA，再进行浓度测定和0.8%琼脂糖凝胶电泳检测，酶切电泳图在基因组位置12Kb处不存在条带，且整个电泳条带均匀弥散分布，说明酶切成功，由此来检测染色质片段化完全程度；S5：将酶切后DNA片段再经过带有生物素标记的脱氧核糖核苷酸进行标记；S6：邻近连接，得到环化后的嵌合DNA产物，逆转交联；S7：向S6步骤中环化产物中引入内参环状质粒，得到混合物，采用限制性外切酶组合处理得到的混合物，所述限制性外切酶组合为ExonucleaseI和ExonucleaseIII；S8：对S7步骤中的混合物采用Fragmentation、EndPreparationdA-tailingEnzymeMix酶进行酶切打断，并结合磁珠分选，优化片段范围；S9：免疫磁珠抓取带有生物素标记的互作DNA片段，再进行加接头、PCR扩增、E-gel胶切胶回收，制备insitueHi-C3.0测序文库。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 中国农业科学院农业基因组研究所 染色质构象捕获in situ eHi-C 3.0测序文库制备方法及应用