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给药后MTX治疗JIA的疗效预测系统及其建立方法 

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申请/专利权人:广州市妇女儿童医疗中心

摘要:本发明涉及一种给药后MTX治疗JIA的疗效预测系统及其建立方法。该建立方法通过筛选出JIA患者的检测项目的特征变量子集,使用机器学习算法对所述特征变量子集建立疗效预测系统,其AUC最高可达99%,相应的预测灵敏性、特异性和准确性都在90%以上,比传统方法建立的系统的预测性能显著提高。该疗效预测系统在疗效预测时不用昂贵的基因型检测,只需要患者常规的必检项目就可以完成疗效模型的预测,无需额外缴费检测。患者边用药,边判断疗效,在3个月产生疗效前,即可借助给药前指标和给药后3个月内的指标精准的进行疗效预测。该方法建立的给药后MTX治疗JIA的疗效预测系统是一种简便易用、高效、较早期、准确预测患者MTX疗效的有效工具。

主权项:1.一种给药后MTX治疗JIA的疗效预测系统的建立方法,其特征在于,包括如下步骤:获取给药前、后JIA患者的多个不同检测项目的检测结果构成数据变量集,所述获取给药前、后JIA患者的多个不同检测项目的检测结果构成数据变量集是获取给MTX前和后3个月JIA患者的多个不同检测项目的检测结果构成数据变量集;所述多个不同检测项目包括用MTX前的胱抑素、用MTX后3个月的胱抑素、用MTX前的抗核抗体、用MTX后3个月的抗核抗体、用MTX前25羟维生素D测定、用MTX后3个月的25羟维生素D测定、用MTX前的类风湿因子、用MTX后3个月的类风湿因子、用MTX后3个月的凝血酶时间、用MTX后3个月的纤维蛋白原、用MTX后3个月的凝血酶原时间、用MTX后3个月的部分凝血酶原时间、用MTX后3个月的血清铁蛋白、用MTX后3个月的肌酐、用MTX后3个月的抗环氨酸肽抗体、用MTX后3个月的C反应蛋白、用MTX后3个月的辅助T细胞淋巴细胞、用MTX后3个月的抑制T细胞淋巴细胞、用MTX后3个月的类风湿因子IgG、用MTX后3个月的血总胆红素、用MTX前的纤维蛋白原、用MTX前的T细胞绝对计数、用MTX后3个月的血间接胆红素、用MTX前的血沉、用MTX后3个月的T细胞绝对计数、用MTX后3个月的辅助T细胞抑制T细胞、用MTX前的部分凝血酶原时间、用MTX后3个月的血白蛋白、用MTX后3个月的C3、用MTX后3个月的B细胞淋巴细胞、用MTX前的类风湿因子IgG、用MTX前的C反应蛋白、用MTX后3个月的C4、用MTX前的血直接胆红素、用MTX前的IgE、用MTX后3个月的血直接胆红素、用MTX前的疼痛关节数、用MTX后3个月的血沉、用MTX后3个月的NK细胞淋巴细胞、用MTX前的凝血酶原时间、用MTX后3个月的血糖、用MTX前的抗环氨酸肽抗体、用MTX后3个月的IgG、用MTX后3个月的谷草转氨酶、用MTX后3个月的IgE、用MTX后3个月的谷丙转氨酶、用MTX3个月的总量、用MTX前的肌酐、用MTX前的凝血酶时间、用MTX后3个月的IgM、用MTX前的血清铁蛋白、用MTX后3个月的血红蛋白、用MTX前的抑制T细胞淋巴细胞、用MTX前的血淋巴细胞、用MTX后3个月的血白细胞、用MTX前的尿素、用MTX后3个月的IgA、用MTX前的血总胆红素、第一次MTX用量、用MTX前的血间接胆红素、用MTX前的NK细胞淋巴细胞、用MTX前的IgM、用MTX后3个月的血淋巴细胞、用MTX后3个月的尿素、用MTX前的B细胞淋巴细胞、用MTX前的血糖、用MTX后3个月的红细胞压积、用MTX前辅助T细胞抑制T细胞、用MTX前的血红细胞、用MTX前的辅助T细胞淋巴细胞、用MTX前的IgG、用MTX后3个月的血红细胞、用MTX后3个月的血中性粒细胞、用MTX后3个月的血小板、年龄、用MTX前的血小板、用MTX前的肿胀关节数、用MTX前的C3、用MTX前的血中性粒细胞、用MTX前的血白细胞、用MTX前的血白蛋白、用MTX前的谷草转氨酶、用MTX前的红细胞压积、用MTX前血红蛋白、用MTX前的IgA、用MTX前的体重、用MTX前的C4、用MTX前的谷丙转氨酶、用MTX后3个月的体重、性别、发病到开始用MTX的时间、JIA关节亚型和发病年龄;对所述数据变量集中的各数据变量分别进行多种数据变换处理,得到多种数据变换结果集,所述多种数据变换处理包括最小-最大归一化处理、Z-分数标准化处理、L2-正则化处理以及保持原型处理;对得到的多种数据变换结果集分别构建树模型是用极端随机树、梯度提升决策树、随机森林和极限梯度提升树分别对所述多种数据变换结果集构建树模型;对构建的各树模型中的各数据变量进行重要性排序,得到各树模型中的各数据变量的重要性排名序列,取各数据变量在各树模型中的重要性排名的中位数作为各数据变量的最终重要性排名;根据各数据变量的最终重要性排名,每次添加一个数据变量使用机器学习算法建模,依据目的性能指标对建模的模型进行性能分析,直至所有数据变量都添加为止,获取针对所述目的性能指标的多个指标值综合最高时所对应的数据变量组合作为最优的特征变量子集;使用机器学习算法对所述特征变量子集建立疗效预测系统,所述特征变量子集包括用MTX后3个月的C反应蛋白、用MTX后3个月的辅助T细胞淋巴细胞、用MTX后3个月的抑制T细胞淋巴细胞、用MTX后3个月的类风湿因子IgG、用MTX后3个月的血总胆红素以及用MTX前的纤维蛋白原。

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