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申请/专利权人：华中农业大学

摘要：本申请公开了玉米SNP位点的筛选方法、装置、电子设备及介质。该筛选方法包括：获取第一材料集的候选SNP位点数据和第二材料集的表型数据；整理候选SNP位点数据；以及对整理的候选SNP位点数据与表型数据进行关联分析，得到与表型数据相关度最高的SNP位点。通过这些材料集中的已知公开了SNP位点的数据进行有效整理，能够显著提高筛选效率。

主权项：1.玉米SNP位点的筛选方法，其包括：获取第一材料集的候选SNP位点数据和第二材料集的表型数据；整理所述候选SNP位点数据；以及对整理的所述候选SNP位点数据与所述表型数据进行关联分析，得到与所述表型数据相关度最高的SNP位点；其中，所述SNP位点数据的整理步骤包括：识别所述候选SNP位点数据中与SNP位点关联的第一字符串，所述第一字符串用于标识所述候选SNP位点数据中的SNP所在位点的变异的单核苷酸碱基信息以及参考基因组的单核苷酸碱基信息；响应于所述第一字符串转换生成第二字符，所述第二字符表征所述SNP位点对应的基因型；其中，获得所述候选SNP位点数据的步骤包括：获得已知与表型关联的全部功能基因；根据所述全部功能基因的位置信息，拓展每个基因上游和下游调控区以作为基因的功能区；将所述全部功能基因的所述功能区分别与全基因组SNP位点进行共定位；其中，获得已知与表型关联的全部功能基因的步骤包括：构建第一代玉米全息图谱；利用所述第一代玉米全息图谱和收集的已知基因信息，收集全部与玉米表型关联的基因；其中，构建第一代玉米全息图谱的步骤包括：获得第一关系值，所述第一关系值为任意两个基因之间共表达的相关系数；获得第二关系值，所述第二关系值为所述任意两个基因之间共翻译的相关系数；获得第三关系值，所述第三关系值表征所述任意两个基因之间的酵母双杂交结果，若所述杂交结果得到所述任意两个基因之间具有互作，则所述第三关系值为1，否则所述第三关系值为0；获得第四关系值，所述第四关系值表征所述任意两个基因之间的基因组位置接近关系；获得第五关系值，所述第五关系值为所述第一关系值、所述第二关系值、所述第三关系值和所述第四关系值之和，根据所述第五关系值构建所述第一代玉米全息图谱；其中，所述转换生成包括：识别并判断所述第一字符串是否为“00”，若是则生成字符“0”；或识别并判断所述第一字符串是否为“01”，若是则生成字符“1”；或识别并判断所述第一字符串是否为“11”，若是则生成字符“2”；或识别并判断所述第一字符串是否为“..”，若是则生成字符“N”，以作为所述第二字符中的至少一项。

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百度查询： 华中农业大学 玉米SNP位点的筛选方法、装置、电子设备及介质