首页 专利交易 科技果 科技人才 科技服务 国际服务 商标交易 会员权益 IP管家助手 需求市场 关于龙图腾
 /  免费注册
到顶部 到底部
清空 搜索

基于非冗余德布鲁因图的DNA存储数据重建方法及系统 

买专利卖专利找龙图腾,真高效! 查专利查商标用IPTOP,全免费!专利年费监控用IP管家,真方便!

申请/专利权人:大连大学

摘要:本发明公开了基于非冗余德布鲁因图的DNA存储数据重建方法及系统,涉及DNA存储技术领域;包括将莱文斯坦距离小于等于设定阈值的DNA序列划分到同一个聚类子图;将DNA序列之间具有最小莱文斯坦距离的节点连边,度数最大的节点代表该聚类子图中的骨干序列;将骨干序列作为测序数据对齐的模板序列,构造束搜索图;根据束搜索算法进行错误纠正和筛选最佳优选路径,得到共识序列;构造非冗余德布鲁因图;删除权值低于设定阈值的边所连接的节点;根据非冗余德布鲁因图中节点信息以及共识序列进行路径选择;路径选择后的序列即为重建后的序列。本发明能够在保持数据完整性的同时,尽可能减小对存储密度的影响,从而实现更为高效和可靠的DNA数据存储。

主权项:1.基于非冗余德布鲁因图的DNA存储数据重建方法,其特征在于,包括以下步骤:获取DNA序列之间的莱文斯坦距离,将莱文斯坦距离小于等于设定阈值的DNA序列划分到同一个聚类子图,故若干DNA序列被划分到多个聚类子图中;在聚类子图中每条DNA序列视为一个节点,将DNA序列之间具有最小莱文斯坦距离的节点连边,度数最大的节点代表该聚类子图中的骨干序列;将骨干序列作为测序数据对齐的模板序列,其他DNA序列根据骨干序列中各碱基的相对位置构造束搜索图;在束搜索图中根据束搜索算法进行错误纠正和筛选最佳优选路径,将最佳优选路径所涉及的DNA序列进行多序列比对得到共识序列;将每个聚类子图的DNA序列分割成子序列k-mer并使用滑动窗口构造非冗余德布鲁因图,该图中有k-1个相同碱基的节点连边,节点之间的频率记做边的权值;删除权值低于设定阈值的边所连接的节点,以减少后续路径选择的判断次数;根据非冗余德布鲁因图中节点信息以及共识序列进行路径选择;路径选择后的序列即为重建后的序列。

全文数据:

权利要求:

百度查询: 大连大学 基于非冗余德布鲁因图的DNA存储数据重建方法及系统

免责声明
1、本报告根据公开、合法渠道获得相关数据和信息,力求客观、公正,但并不保证数据的最终完整性和准确性。
2、报告中的分析和结论仅反映本公司于发布本报告当日的职业理解,仅供参考使用,不能作为本公司承担任何法律责任的依据或者凭证。