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一种基于Transformer架构的碱基编辑结果预测模型 

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申请/专利权人:南京工业职业技术大学

摘要:本发明提供了一种基于Transformer架构的碱基编辑结果预测模型,包括①编辑效率预测模型和②旁编辑预测模型;其中编辑效率预测模型包括由嵌入层和编码层构成的编码模块和由分类器构成的输出模块,针对待编辑的碱基序列用以预测碱基编辑效率;所述旁编辑预测模型则包括编码模块、解码模块和输出分类器,针对待编辑的碱基序列及其所有可能的编辑结果,预测所有可能的编辑结果的概率分布。本发明基于Transformer架构的碱基编辑结果预测模型能够替代传统生物实验法,实现碱基编辑结果的虚拟仿真预测。

主权项:1.一种基于Transformer架构的碱基编辑结果预测模型,其特征在于:包括编辑效率预测模型,其中设有编码模块和输出模块,模型的输入为待编辑的碱基序列X=[x1,x2,…,xT];所述编码模块中包括嵌入层和N个编码层;所述嵌入层负责将待编辑的碱基序列X由独热编码形式转换为向量形式U=[u1,u2,…,uT],转换后的序列U再经由N个编码层处理得到一个新序列R=[r1,r2,…,rT];所述输出模块中,序列R经分类器处理预测出各碱基的编辑效率S=[s1,s2,…,sT]。

全文数据:

权利要求:

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