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碱基编辑器及其构建方法与应用 

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申请/专利权人:复旦大学

摘要:本发明涉及基因编辑技术领域,尤其是涉及一种碱基编辑器及其构建方法与应用,用于DNA水平特定位点特定碱基的突变。本发明构建得到编辑特异性更高且RNADNA脱靶风险低的ABE,编辑精度高且RNADNA脱靶风险低的CBE以及体积更小的ACBE工具。本发明中开发的ABE工具在介导A·T‑‑G·C突变时有更高的特异性,其介导C·G‑‑T·A突变的能力被明显抑制,甚至清除,且在RNA和DNA水平的脱靶效应有明显降低,甚至消除;本发明开发的CBE工具在介导C·G‑‑T·A突变时有更高的精确度,且RNA和DNA水平的脱靶效应有明显降低,甚至消除;本发明中开发的ACBE工具,只需要单一的脱氨酶,其体积更小,且在RNA和DNA水平的脱靶效应有明显降低,甚至消除,具有更高的应用价值。

主权项:1.碱基编辑器,其特征在于,为突变型TadA-8e的5’和3’分别添加NLS序列和linker序列后获得NLS-突变型TadA-8e-linker,NLS-突变型TadA-8e-linker置于Cas核酸酶的N-末端、C-末端或内部的融合位点融合形成的融合蛋白;其中,NLS-突变型TadA-8e-linker是指相对于NLS-TadA-8e-linker而言,TadA-8e中氨基酸中一个或几个发生了突变,NLS-TadA-8e-linker的氨基酸序列如SEQIDNO.4所示,NLS-突变型TadA-8e-linker的氨基酸序列为NLS-TadA-8e-linker氨基酸序列中将TadA-8e置换为突变型TadA-8e得到的氨基酸序列;突变型TadA-8e选自以下(1)~(2)中任一种突变后所得的脱氨酶中的一种:(1)TadA-8e中氨基酸进行以下单点突变后所得的脱氨酶:N46L、N46P、N46C、N46Q、N46D;(2)TadA-8e中氨基酸进行以下双点突变后所得的脱氨酶:V28G-N46L,V28G-N46C,V28G-N46P,V28W-N46L,V28W-N46C,V28W-N46P,N46P-N108Y,N46P-N108S,N46P-N108Q,N46P-N108D,N46P-N108C,N46P-N108H,N46P-F84M,N46P-I49A,N46P-I49G,N46P-A48G,N46C-N108Y,N46C-N108S,N46C-N108Q,N46C-N108M,N46C-N108C,N46C-N108H,N46L-N108Y,N46L-N108Q,N46L-N108D,N46L-N108M,N46L-N108H,N46L-F84M,N46L-I49A,N46L-I49G,N46L-V82G,N46C-V82G、N46C-V82T、N46C-F84M、N46L-V82T、N46P-F84M、N46P-N108M。

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