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申请/专利权人：暨南大学
摘要：本发明提供一种分子动力学模拟方法，涉及药物设计、材料科学、生物信息学技术领域。该分子动力学模拟方法，包括自适应偏置势，在模拟过程中，沿着集体变量的自由能景观动态添加高斯势函数，以填平能量障碍；集体变量选择，精心选择能够描述系统关键特征的集体变量，以指导系统的采样过程；多步行者策略，并行运行多个模拟轨迹，并将它们的贡献汇总到一个总的偏置势中，提高采样效率；温和元动力学，引入衰减因子控制偏置势的增长，避免系统被推向不感兴趣的区域。MetaDynamics可以模拟共价抑制剂与靶标蛋白之间的相互作用，帮助识别和预测可能的共价结合位点。
主权项：1.一种分子动力学模拟方法，其特征在于：包括：自适应偏置势，在模拟过程中，沿着集体变量的自由能景观动态添加高斯势函数，以填平能量障碍；集体变量选择，精心选择能够描述系统关键特征的集体变量，以指导系统的采样过程；多步行者策略，并行运行多个模拟轨迹，并将它们的贡献汇总到一个总的偏置势中，提高采样效率；温和元动力学，引入衰减因子控制偏置势的增长，避免系统被推向不感兴趣的区域。
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百度查询： 暨南大学 一种分子动力学模拟方法
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