买专利卖专利找龙图腾，真高效！ 查专利查商标用IPTOP,全免费！专利年费监控用IP管家,真方便！

申请/专利权人：天津大学

摘要：本发明涉及生物技术领域，尤其涉及一种DNA串联重复单元的拆分组装方法。本发明通过对串联重复序列进行拆分、组装，以较少的DNA模板量可实现高效的体外组装；无需对组装结果进行扩增，反应得到的为环形重组质粒，可直接转化受体细胞完成克隆，无需酶切、纯化等后续处理步骤；反应过程不依靠DNA聚合酶扩增反应，不涉及复杂的重组过程，突变率低，反应效率和保真度高；反应体系简单，成本低，便于操作，可适用于各种DNA片段的组装，在串联重复单元的组装上具有明显优势。

主权项：1.一种DNA串联重复单元的拆分组装方法，包括：步骤1：在目标序列的5’端依次加入XhoI的切割碱基、XhoI补充碱基、BsaI识别序列及切割间隔碱基；在其3’端依次加入切割间隔碱基、BsaI反向识别序列、XbaI补充碱基及XbaI切割碱基，获得待拆分序列；其中，所述XhoI的切割碱基为限制性内切酶XhoI的识别序列；所述XhoI补充碱基为：与XhoI实际识别序列相比，所述串联重复DNA单元与组装质粒连接后复原的XhoI识别序列所缺失碱基；所述XbaI补充碱基为：与XbaI实际识别序列相比，所述串联重复DNA单元与组装质粒连接后复原的XbaI识别序列所缺失碱基；所述切割间隔碱基随机组成，其碱基数≥1；步骤2：采用k-mer方法对待拆分序列进行分析，按照5’到3’的顺序依次获得长度为kbp的分析单元D1～Dn；其中，k为大于0的任意帧数；n为所有分析单元的个数，n＞1；步骤3：判断分析单元D1～Dn中是否存在发卡结构，如果存在发卡结构，记录发卡结构的位置，并按照如下公式计算发卡结构的退火温度Tm； 其中，[Na+]为Na+离子浓度；[GC]为发卡结构的GC含量，所述GC含量为发卡结构中GC碱基数占所述发卡结构总碱基数的比例；length为发卡结构的长度；步骤4：以拆分长度为Lbp对步骤1所述的待拆分序列按照5’到3’端的顺序依次进行拆分、判定，依次获得拆分单元C1～Cm；其中，L为用户自定义的拆分长度，m为拆分单元的个数，m＞1；以获得第一个拆分单元C1为例，假设将以拆分长度为Lbp对步骤1所述的待拆分序列按照5’到3’端的顺序拆分获得的第一个拆分单元为拆分单元1-1，判定是否保留拆分单元1-1，如果保留拆分单元1-1，则将其标记为拆分单元C1；所述判定的方法包括：首先根据步骤3获得的发卡结构的位置，判断拆分单元1-1中是否存在发卡结构；当拆分单元1-1中不存在发卡结构时，则满足拆分要求，直接保留该拆分单元1-1，并标记为拆分单元C1，然后以Lbp的拆分长度对剩余待拆分序列继续进行拆分；当拆分单元1-1中存在发卡结构时，按照以下方法对拆分单元1-1进行处理：1按照如下公式计算拆分单元1-1的退火温度Tm’；Tm’＝81.5+16.6×log10[Na+]+0.41×[GC]-600length其中，[Na+]为Na+离子浓度，[GC]为拆分单元的GC含量，length为拆分单元的长度；2将步骤1计算的Tm’与步骤3记录的所述拆分单元1-1中最大发卡结构的Tm进行比较：①、Tm’≥1.5Tm时，则该拆分单元1-1满足拆分要求，保留该拆分单元1-1，标记为拆分单元C1，然后以Lbp的拆分长度对剩余待拆分序列继续拆分；②、Tm’＜1.5Tm时，则不满足拆分要求，以L+1bp的拆分长度对待拆分序列重新进行拆分，获得新的第一个拆分单元，即拆分单元1-2；3按照步骤1～2所述拆分单元1-1的处理方法对拆分单元1-2进行处理；如果满足步骤①的拆分要求，则保留拆分单元1-2，记为标记为拆分单元C1，然后以Lbp的拆分长度对剩余待拆分序列继续拆分；如果仍不满足步骤①的拆分要求，则以l+2作为拆分长度重新进行拆分，获得新的第一个拆分单元，即拆分单元1-3；按照步骤1～2所述拆分单元1-1的处理方法对拆分单元1-3进行处理；以此类推，在拆分单元不满足拆分要求时，将拆分长度增加1bp后重新进行拆分，直至满足步骤①的拆分要求，保留相应的拆分单元；然后以Lbp的拆分长度对剩余待拆分序列继续进行拆分；按照以上对拆分单元1-1的拆分、判定方法对剩余待拆分序列依次进行拆分，获得待拆分序列中不包含发卡结构的拆分单元，以及包含发卡结构但满足步骤①拆分要求的拆分单元，即C1～Cm，输出所有拆分单元C1～Cm的拆分结果。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 天津大学 一种DNA串联重复单元的拆分组装方法