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摘要：本发明涉及一种基于残基相互作用及PEN的分子动力学结果分析方法，属于药物分子动力学技术领域，所述方法包括以下步骤：1残基相互作用能矩阵的构建；2蛋白质能量网络结构图的构建和分析；3图卷积神经网络分类训练。本发明方法通过相互作用能量矩阵、蛋白质能量网络结构图、分子动力学分析、图卷积神经网络分类训练使得药物分子动力学分析更加高效，精确。
主权项：1.一种基于残基相互作用及PEN的分子动力学结果分析方法，其特征在于所述方法包括以下步骤：1残基相互作用能矩阵的构建；2蛋白质能量网络结构图的构建和分析；3图卷积神经网络分类训练；所述步骤1的具体操作是：使用工具，从仿真轨迹中提取残基—残基相互作用能量，同时计算它们之间的相关性，其中单个残基之间的相互作用能被用来构建代表网络结构中残基之间边的“强度”的相互作用能量矩阵，相互作用能量矩阵简称IEM；所述步骤2的具体操作是：网络结构中残基之间边的“强度”的IEM被归一化，以进一步表示网络分析任务中从一个残基到另一个残基使用的“权重”或“信息传输成本”，得到的相互作用能矩阵被用来根据基于残基的网络度量以及结构中选定残基之间的最短路径来构建和分析蛋白质能量网络，所述的蛋白质能量网络简称PEN；所述的步骤3的具体操作是：分析蛋白质能量网络图，使用残基相互作用矩阵作为图卷积神经网络的输入邻接矩阵，邻接矩阵的维度为N*N，其中N为蛋白质残基数量；另一个是特征矩阵H，特征矩阵H的维度为N*F，其中N代表蛋白质能量网络图中残基的个数，F为每个残基的特征维度，特征维度记录的是残基中氨基酸特征。
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百度查询： 中国海洋大学 一种基于残基相互作用及PEN的分子动力学结果分析方法
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