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用于改良刺糖多孢菌的高通量(HTP)基因组工程改造平台 

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申请/专利权人:齐默尔根公司

摘要:本发明提供了一种用于糖多孢菌属的HTP微生物基因组工程改造平台,其以计算方式驱动并整合了分子生物学、自动化和先进机器学习方案。这一集成平台利用了一套HTP分子工具集来创建HTP基因设计文库,所述基因设计文库尤其来源于科学见解和迭代模式识别。

主权项:1.一种使糖多孢菌属微生物进化以获得所期望表型的高通量HTP基因组工程改造方法,其包含:a.扰动具有相同基因组菌株背景的初始多种糖多孢菌微生物的基因组,由此创建包含具有独特基因变异的个别糖多孢菌菌株的初始HTP基因设计糖多孢菌菌株文库;b.针对所期望表型筛选和选择步骤a的所述初始HTP基因设计糖多孢菌菌株文库中的个别糖多孢菌菌株;c.提供各自包含独特基因变异组合的后续多种糖多孢菌微生物,所述基因变异选自前一步骤中所筛选的至少两种个别糖多孢菌菌株中所存在的所述基因变异,由此创建后续HTP基因设计糖多孢菌菌株文库;d.针对所期望表型筛选和选择所述后续HTP基因设计糖多孢菌菌株文库中的个别糖多孢菌菌株;和e.按照线性或非线性方式重复步骤c-d一次或多次,直到糖多孢菌微生物已获得所期望表型为止,其中每次后续迭代创建了新的HTP基因设计糖多孢菌菌株文库,所述新的HTP基因设计糖多孢菌菌株文库包含具有独特基因变异的个别糖多孢菌菌株,所述独特基因变异是选自前一HTP基因设计糖多孢菌菌株文库中的至少两种个别糖多孢菌菌株的基因变异组合;其中所述初始HTP基因设计糖多孢菌菌株文库或所述后续HTP基因设计糖多孢菌菌株文库包含:启动子交换微生物菌株文库,其中所述启动子交换微生物菌株文库包含至少一个启动子,所述启动子由选自SEQIDNo.1到69和172到175的核苷酸序列组成。

全文数据:

权利要求:

百度查询: 齐默尔根公司 用于改良刺糖多孢菌的高通量(HTP)基因组工程改造平台

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