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申请/专利权人：华南农业大学
摘要：本发明涉及一组用于猪源单细胞VDJ测序的引物及其应用，属于预防兽医技术领域，目前在IMGT国际免疫遗传学数据库中，猪源TCR序列信息仍然十分有限，严重制约了猪源TCR多样性的研究。本发明提供一组猪源单细胞VDJ测序TCR序列引物，以及测序数据的注释方法。可用于获取单个细胞水平的猪源TCR序列信息。
主权项：1.基于单细胞VDJ测序注释猪源TCR序列的方法，其特征在于：采用猪源TCR序列引物进行，包括核苷酸序列依次如SEQIDNO：1～10所示的TRAouter-R、TRAinter-R、TRBouter-R、TRBinter-R、TRDouter-R、TRDinter-R、TRGouter-R、TRGinter-R、Outer-F和Inter-F；所述方法包括以下步骤：步骤一、细胞悬液制备：使用EDTA抗凝管通过猪前腔静脉采集抗凝血，采用淋巴细胞分离液分离淋巴细胞，使用PBS重悬细胞；步骤二、使用细胞计数仪对细胞悬液进行计数，将细胞悬液浓度调整为1-1.5x103cellsμL；步骤三、单细胞微反应体系构建：利用10xGenomicsChromiumTM系统，将带有序列标签的GelBeads、细胞悬液和试剂预混液、油加载到各自的进样通道，通过微流控通道网络形成的“双十字”交叉系统，最终形成由GEMsGelBeadinemulsion包裹的单细胞微反应体系；收集GEMs在PCR仪中进行逆转录实现标签化后构建高通量二代测序文库，并使用测序文库进行高通量二代测序；步骤四、序列质控：原始数据使用cellranger7.1软件vdj-denovo参数生成序列文件；步骤五、序列比对与注释：将所述序列文件提交到IMGTHighV-QUEST数据库，以人源TCR数据作为比对，使用R4.2.1软件读取比对结果，剔除基因相似性小于75％的序列。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 华南农业大学 一组用于单细胞V（D）J测序的猪源TCR序列引物及其应用
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