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申请/专利权人：浙江理工大学
摘要：本发明公开了一种基于序列组分和移动元件的基因组岛预测方法及系统。本发明包括以下步骤：首先从移动元件数据库中获取移动元件的生物信息；接着利用基于序列组分的预测方法生成待检测的基因组序列的初始候选基因组岛集合；然后根据待检测的基因组序列，结合移动元件的包含性对候选基因组岛集合进行第一次过滤；再利用滑动窗口的包含性基因组岛进行补救，最后再次利用移动元件对于候选基因组岛进行第二次过滤从而形成最终的基因组岛集合。本发明在移动元件数据库中得到每一种移动元件的生物信息后，在基于组分的识别方法基础上，发现移动元件后构建基因组岛二次识别方法，提高基因组岛的预测效率。
主权项：1.一种基于序列组分和移动元件的基因组岛预测方法，其特征在于，包括以下步骤：S1：从移动元件数据库中获取移动元件的生物信息；S2：选择基于序列组分的预测方法预测待检测的基因组序列中的候选基因组岛，获得初始候选基因组岛集合；S3：根据移动元件的生物信息，将初始候选基因组岛集合中不包含移动元件的候选基因组岛删除后，获得第一候选基因组岛集合；S4：利用滑动窗口将当前基因组序列分割成不重叠的窗口片段，从分割获得的窗口片段中挑选出包含移动元件的窗口片段作为候选窗口片段并形成第二候选基因组岛集合；S5：将第一候选基因组岛集合与第二候选基因组岛集合合并后，再利用移动元件过滤器过滤掉合并的候选基因组岛集合中不包含移动元件的候选基因组岛，从而形成最终的基因组岛集合。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 浙江理工大学 一种基于序列组分和移动元件的基因组岛预测方法及系统
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