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申请/专利权人：河北农业大学

摘要：本发明涉及太行鸡保种技术领域，公开了一种基于低深度全基因组重测序技术对保种群保种效果进行评价的方法，包括以下步骤：首先采集保种群的样本，并提取基因组DNA。然后通过低深度重测及相关生物信息学分析获得全基因组水平的合格有效SNP标记。利用获得的全基因组SNP标记信息对保种群的多态性标记比例、平均期望杂合度和平均观察杂合度、连锁不平衡衰减速率、保种群间的主成分分析、各保种群个体间及保种群间的遗传距离和遗传相系数、各保种群的基于ROH的近交系数等参数进行分析，可以更全面地对保种群的保种效果进行评价，及时发现保种群继代过程中出现的问题并提出相应的解决方案，本方法克服了已有方法的缺陷，为畜禽遗传资源保护中保种群保种效果的评价提供了一个更为有效的方法。

主权项：1.一种基于低深度全基因组重测序技术对保种群保种效果进行评价的方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤一，采集保种群至少800个个体的组织样品，用于基因组DNA提取；步骤二，应用MagPureTissueBloodDNALQKit试剂盒提取各样品基因组DNA，利用Tn5转座酶对每个个体建立基因文库，并进行低深度全基因组重测序；步骤三，利用Base-Va软件对比前后的低深度重测序数据识别多态位点并推测等位基因频率进行SNP分型，应用STITCH软件进行基因型填充；步骤四，使用PLINK进行质量控制，得出多态的位点占总位点的比例公式PN＝MN，式中，PN为多态性标记比例，M为表现多态的位点数，N为总的位点检出率≥95％数；标准及流程如下：SNP检出率≥95％，最小的等位基因频率≥0.01，哈德温伯格平衡检验P值≥1×10-6，置信度0.4，对填充后的基因型数据进行严格质控，过滤不合格的数据保留符合要求的数据应用于后续研究；步骤五，基于全基因组数据对各保种群的遗传多样性进行评估，根据质控后的SNPs采用PLINK进行杂合度的统计计算公式 式中，为平均观察杂合度，为平均期望杂合度，其中n为群体的总个体数，N为总的位点数，Hk为位点k的杂合个体数，Pki为位点k等位基因i的频率；计算各保种群的多态性标记比例、平均期望杂合度和平均观察杂合度，分析太行鸡保种群体的遗传多样性；步骤六，采用连锁不平衡系数r2的计算公式 对各保种群两个基因座之间的连锁程度进行分析，式中，假设A，B为2个相邻的基因，其等位基因分别为A，a和B，b；PAB为后代群体中观察得到的单倍体基因型AB所得到的概率，PA，PB，Pa，Pb表示A、B、a、b等位基因频率的观察值；r2的取值范围为0～1，r2的值越大，表示连锁不平衡程度越强；当r2为1时表示完全连锁，r2为0时表示自由重组；步骤七，使用GCTA软件按照Price等提出的EIGENSTRAT方法对各保种群进行主成分分析，根据样本间的遗传距离和遗传相似系数反映群体间遗传分化的程度公式 式中，Dij为计算个体i和个体j之间的遗传距离；L为个体间用于计算IBS的SNP数；dkig＝0，个体i和个体j在位点k上的基因型完全相同AA|AA；或者Aa|Aa；或者aa|aa；d_kig＝0.5，个体i和个体j在位点k上的基因型有一个等位基因相同AA|Aa；或者aa|Aa；dkij＝1：个体i和个体j在位点k上的基因型完全不相同AA|aa；利用PLINK中的--genome命令调用IBS对保种群个体间的遗传距离和遗传相似系数以及保种群间的遗传距离和遗传相似系数进行分析 式中，GS为遗传相似系数，nij为样本i和样本j中均检出的但基因型无差异的标记位点的数目，Nij为样本i和样本j中均检出的标记位点的数目；步骤八，应用PLINK分析保种群连续性纯合片段，统计每个样本ROH的长度，通过计算个体中ROH片段的总长度与常染色体基因组总长度的比值，获得每个样本基于ROH的近交系数 式中，LROH为常染色体上ROH的总长度，Lauto为常染色体基因组的长度，n为群体中总的个体数，K为某一个样本，为基于个体ROH计算的群体平均近交系数；根据个体的近交系数公式和G矩阵构建中个体间及亲缘关系系数公式 群体检测样本求平均值即为各群体的近交系数，式中，Cjk，j和k样本间的亲缘关系系数；Gjk，j和k样本间的G矩阵计算值；Gjj，j样本的G矩阵计算值；Gkk，k样本的G矩阵计算值。

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