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摘要:本发明公开了一种甘蓝型油菜最适全基因组选择体系的构建方法,涉及甘蓝型油菜品种选育以及分子育种技术领域。本发明基于甘蓝型油菜的10个性状,对其在不同全基因组选择模型、标记密度、群体大小和比例下,以及非加性效应、性状特异性SNP和有害突变的应用中的预测精度进行综合比较,确定了一种甘蓝型油菜最适的全基因组选择体系;此外,本发明建立了一种不受运算设备限制的有害突变数据库构建方法和一种甘蓝型油菜表型性状全基因组选择预测精度估计的方法,因此,本发明可为甘蓝型油菜最适全基因组选择体系的建立提供参考,同时可促进甘蓝型油菜全基因组选择的应用。
主权项:1.一种甘蓝型油菜最适全基因组选择体系的构建方法,其特征在于:至少包括以下步骤:S1:确定植物材料和表型数据,共用到两个群体,分别将其称为60K群体和WGR群体;S2:对两个群体的基因型数据分析;S3:不同全基因选择模型的实践,选择四种常用GS模型进行比较,所述四种常用GS模型包括利用基因组关系矩阵直接估计基因组估计育种值的基因组最佳线性无偏预测,即为GBLUP,基于训练群体估计标记的效应值之后进一步计算育种群体中个体的GEBV的岭回归最佳线性无偏预测,即为RR-BLUP,贝叶斯B,即为BayesB以及半参数法再生核希尔伯特空间,即为RKHS;S4:对不同标记密度全基因组选择实践;S5:对不同群体大小和比例全基因组选择实践;S6:包含非加性效应的全基因组选择实践;S7:应用性状特异性SNP的全基因选择实践;S8:通过设计一种不受运算设备限制的有害突变数据库构建方法构建对应的数据库,以及应用有害突变的全基因选择实践。
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百度查询: 西部(重庆)科学城种质创制大科学中心 西南大学 一种甘蓝型油菜最适全基因组选择体系的构建方法
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