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用于检测微量组织中PDGFRA基因突变的引物组合及其应用 

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申请/专利权人:昆明理工大学

摘要:本发明公开了一种用于检测微量组织中PDGFRA基因突变的引物组合,其包括预扩增引物组、用于检测12号外显子突变的引物组、用于检测14号外显子突变的引物组、用于检测18号外显子突变的引物组;该方法旨在将微量的DNA通过预扩增得到较高浓度的DNA模板,结合直接测序法检测样本中PDGFRA基因的突变情况;将该引物组合应用于制备检测PDGFRA基因突变的检测试剂中,可检测样本的DNA浓度低至100pg,且可以同时检测PDGFRA基因第12、14和18号外显子的所有突变,本发明提供的检测方法灵敏度高,特异性强,成本低,适用于临床肿瘤患者PDGFRA基因突变的检测,具有很好的临床应用价值。

主权项:1.用于检测微量组织中PDGFRA基因突变的引物组合,其特征在于,由如SEQIDNO:1-SEQIDNO:18所示的预扩增引物组、如SEQIDNO:19-SEQIDNO:20所示的用于检测12号外显子突变的引物组、如SEQIDNO:21-SEQIDNO:22所示的用于检测14号外显子突变的引物组,如SEQIDNO:23-SEQIDNO:24所示的用于检测18号外显子突变的引物组组成;用于检测PDGFRA基因突变的引物组合的检测使用方法,具体步骤如下:(1)引物稀释将primer1-prime18分别稀释后混匀制得PrimerMix,其中primer1-primer16引物的终浓度为0.05-0.1μM,primer17-primer18引物的终浓度为1-3μM;primer19-primer24引物稀释至5-10μM;(2)预扩增在扩增管中加入1μL的10×反应缓冲液、2.5μL的PrimerMix、100-1000pg微量DNA模板、用去离子水补足至8.8μL;混匀,98℃预变性5-10min,然后置于冰上10-20min;再加入0.5μLdNTP10mMeach、0.2μL100×BSA以及0.5μLphi29DNA聚合酶,30-35℃扩增过夜,65℃加热10-20min使酶失活;(3)使用PCR纯化试剂盒纯化上述预扩增产物;(4)PDGFRA基因突变检测针对PDGFRA基因的12号、14号和18号外显子突变,分别采用如SEQIDNO:19-SEQIDNO:20所示的引物组检测12号外显子突变;如SEQIDNO:21-SEQIDNO:22所示的引物组检测14号外显子突变,如SEQIDNO:23-SEQIDNO:24所示的引物组检测18号外显子突变;配置PCR反应总体系为25μL:其中PfuMix混合液12.5μL、5-10μM正向引物0.5-1μL、5-10μM反向引物0.5-1μL、预扩增产物1-2μL、用水补足至25μL;PCR反应条件为:①94℃,5min预变性;②94℃,30s变性;③55℃,30s退火;④72℃,35s延伸;循环②至④35次;⑤72℃,5min;测序检测。

全文数据:

权利要求:

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