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申请/专利权人：江汉大学

摘要：本申请涉及二代测序领域，尤其涉及二代测序中利用分子特异性条形码评估STR的滑脱的方法及其应用。将待测样本基因组打断后的DNA片段两端分别连接过量的分子特异性条形码序列并进行PCR扩增，得到含有样品特异性标识码和UMI的原始DNA模板分子；进行STR靶标序列捕获，得到捕获目标片段；对所述捕获目标片段进行高通量测序，得到测序数据；根据UMI接头序列、样品特异的标识码和所述待测样本的参考基因组序列对所述测序数据进行STR分型，得到各STR基因座的滑脱率；评估二代测序平台中STR的滑脱。UMI可准确识别PCR过程中STR基因座的滑脱产物stutters并将其去除，达到了降低二代测序平台中STR滑脱的预期效果，为法医鉴定中混合检材的精细鉴别提供了技术支撑。

主权项：1.二代测序中利用分子特异性条形码评估STR的滑脱的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：根据STR基因座得到捕获探针，所述STR基因座来源于人，所述捕获探针的核苷酸序列如SEQIDNO.1-45中任意一项所示；将待测样本的原始DNA模板分子的两端分别连接过量的UMI接头序列和样品特异性标识码，得到待捕获DNA片段；用所述捕获探针对所述待捕获DNA片段进行STR捕获，得到目标捕获片段；对所述目标捕获片段进行高通量测序，得到测序数据；根据所述UMI接头序列、所述样品特异性标识码和所述待测样本的参考基因组对所述测序数据进行STR分型，计算各STR基因座的滑脱率；根据所述滑脱率，评估二代测序平台中STR的滑脱；根据所述UMI接头序列、所述样品特异性标识码和所述待测样本的参考基因组对所述测序数据进行STR分型，计算各STR基因座的滑脱率包括：去除所述测序数据中不符合预设标准的序列，并根据所述样品特异的标识码去除污染序列，得到待比对序列；将所述待比对序列与所述待测样本的参考基因组进行比对，得到原始提取序列；在所述原始提取序列中，根据所述UMI接头序列，从所述待比对序列中，确定各UMI家族的成员及其序列；根据每个所述UMI家族的成员及其序列，还原得到每个所述UMI家族的原始DNA模板序列；对含同一个所述UMI接头序列的所述UMI家族的所有成员进行STR分型，计算每个UMI家族的滑脱百分比；所述不符合预设标准的序列包括：单端读序3’端含有预设质量碱基数目超过自身序列13碱基数目的序列，所述预设质量碱基为质量值≤20的碱基；序列长度小于100bp的序列；所述方法还包括：根据所述UMI家族的成员个数，确定主要分型和各stutters；根据所述各stutters的成员个数之和与所述UMI家族的成员个数，得到STR滑脱百分比；根据各stutters的个数和所述主要分型的个数，得到各stutters的比例；所述UMI家族的成员个数≥30；所述标识码序列的长度≥12bp，所述UMI接头序列的长度≥8bp；所述对含同一个所述UMI接头序列的所述UMI家族的所有成员进行STR分型，包括：对含同一个所述UMI接头序列的所述UMI家族的所有成员按照长度多态性进行STR分型；所述将所述待比对序列与所述待测样本的参考基因组进行比对，得到原始提取序列包括：将所述待比对序列与参考基因组进行比对，保留含STR保守基序的序列和含UMI接头序列的序列并同时提取STR保守基序的序列和UMI接头序列，得到原始提取序列。

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权利要求：

百度查询： 江汉大学 二代测序平台中利用分子特异性条形码评估STR滑脱的方法及其应用