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申请/专利权人：浙江省标准化研究院(金砖国家标准化(浙江)研究中心、浙江省物品编码中心)
摘要：本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种基于高通量测序数据的STR分型方法。本发明提供的STR分型方法，包括STR参考序列、STR模拟数据库构建、样本测序数据比对以及STR分型，有效解决了STR的边界识别和检测样本变异较大的问题，提高了STR分型结果的准确率和对杂合STR的分辨率，同时其高通量特性使得该方法可大规模检测全基因组STR的分型以及对多样本进行大规模的群体STR检测，可广泛应用于动植物、微生物等所有物种的STR检测。
主权项：1.一种基于高通量测序数据的STR分型方法，其特征在于：该方法包括以下步骤：1）根据测序序列读长，设定模拟STR的重复次数，根据设定的重复次数，模拟生成STR区域的Motif不同重复次数的模拟序列，构建目标STR区域的模拟参考数据库；2）利用开源的bowtie比对程序，将不同样本的二代测序数据比对到构建的目标STR区域的模拟参考数据库上，过滤掉多重比对的Reads，保留特异性比对上的Reads；3）从过滤后的特异性比对结果中，读取每个STR位点重复次数，完成单样本大规模STR的分型；4）分别将不同样本测序数据通过2）、3）步骤，完成STR分型，合并多样本STR信息，完成多样本的目标STR的基因分型；所述步骤1）中目标STR区域包括三个部分：左侧翼序列、STR重复序列与右侧翼序列。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 浙江省标准化研究院(金砖国家标准化(浙江)研究中心、浙江省物品编码中心) 一种基于高通量测序数据的STR分型方法
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