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申请/专利权人：深圳谱元科技有限公司

摘要：本发明涉及基因检测分析领域，提供了一种病原微生物检测本地化分析与交互式报告系统及实现方法，系统包括微生物序列参考库模块、分析流程模块和交互式Web应用模块，基于该系统的实现方法包括构建用于测序数据比对的病原菌参考库和已测序基因参考库，将测序数据比对到病原菌参考库和已测序基因参考库，分析结果发送至交互式Web报告系统，通过智能算法计算检出物种的排序值并由人工审核后发布，生成报告。本发明的上述方案，能够解决病原微生物检测分析流程无法本地化和分析流程的产出结果操作门槛高和体验较差的问题。

主权项：1.一种病原微生物检测本地化分析与交互式报告系统，应用于服务器，其特征在于，包括，微生物序列参考库模块、分析流程模块和交互式Web应用模块；所述微生物序列参考库模块，用于通过屏蔽处理已测序微生物基因组序列的污染区域，构建临床关注病原菌参考库和已测序基因组参考库，所述临床关注病原菌参考库和已测序基因组参考库用于样品测序比对分析；所述通过屏蔽处理已测序微生物基因组序列的污染区域，包括，通过自研序列分析处理软件，对极易导致假阳性检出的序列做控制过滤，所述序列包括RefSeq数据库、EuPathDB数据库、NT数据库和自有测序的序列数据；所述分析流程模块，用于对待检样品测序后的reads采用精确比对到病原菌参考库和快速比对到测序基因参考库，并输出分析结果至交互式Web应用模块；所述分析流程模块包括测序数据样品拆分模块、数据质控处理模块、级联比对分析模块、质控样品背景过滤模块和API对接传输数据模块；所述数据样品拆分模块，用于自动扫描服务器指定目录下记录有下机序列数据的Excel文档并启动分析；所述数据质控处理模块，用于对测序质量低序列、低复杂序列、引物或接头污染序列进行去除操作；所述级联比对分析模块，用于将质控处理后的序列进行大规模快速比对，自动筛选出值得关注的微生物进行精细比对，获取特征序列数、覆盖度和置信度指标；所述质控样品背景过滤模块，用于将精细比对结果同时在物种和序列片段两个层次进行判定分析，进行再次矫正；所述API对接传输数据模块，用于将快速比对、精细比对的结果传输至交互式Web应用数据库所述交互式Web应用模块，用于采用智能算法计算分析结果获取检出物种的排序值，通过人工审核在Web应用系统上发布疑似病原菌并生成检测报告，提供报告下载或通过API接口发送报告数据给第三方系统；所述交互式Web应用模块包括微生物百科知识维护管理模块、样品报告管理模块和第三方API对接模块；所述微生物百科知识维护管理模块，用于预置值得关注的临床病原微生物数据并支持用户后期自行维护更新；所述样品报告管理模块，用于可视化地展示分析流程传输的结果数据、系统综合微生物百科配置的阈值、各样品检出物种列表及相应的质控样品检出情况的智能化排序列表；通过人工操作各种过滤器，或者调整微生物百科的配置，选择可信的病原微生物进行发布并生成检测报告；所述第三方API对接模块，用于衔接HIS第三方系统，完成临床信息数据和报告结果数据的交换。

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