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一种FISH显微图像细胞分割方法 

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申请/专利权人:笑纳科技(苏州)有限公司

摘要:本发明公开了一种FISH显微图像细胞分割方法,涉及图像识别技术领域;其包括步骤S1获得预处理后的灰度图像;步骤S2获得二值化图像;步骤S3获得初始细胞轮廓图像;步骤S4获得轮廓过滤后的细胞轮廓图像;步骤S5转化膨胀腐蚀后的二值化图像并获得距离权重图;步骤S6获得圆形标签区域图;步骤S7从含有待分割细胞轮廓的图像中获得非零像素点,将每一个非零像素点归类到细胞内接圆列表中的一个圆形中,获得聚类分割后的细胞轮廓图像;步骤S8获得每一轮廓线的近圆率,获得近圆率的所有轮廓线,形成二次过滤后的细胞轮廓图像;其通过步骤S4、步骤S5、步骤S7和步骤S8,使得显微图像中细胞分割快速且准确。

主权项:1.一种FISH显微图像细胞分割方法,其特征在于:包括如下步骤,步骤S1:获得显微图像的原始灰度图像,图像预处理,获得预处理后的灰度图像;步骤S2:用固定阈值分割预处理后的灰度图像,获得二值化图像;步骤S3:基于二值化图像,用轮廓提取算法提取获得细胞的轮廓线,获得初始细胞轮廓图像;步骤S4:计算初始细胞轮廓图像中每一个轮廓线的面积,获得每一轮廓面积,基于,获得轮廓过滤后的细胞轮廓图像;步骤S5:对二值化图像进行膨胀和腐蚀,获得膨胀腐蚀后的二值化图像,基于膨胀腐蚀后的二值化图像计算每一前景像素到最近的背景像素的距离,转化膨胀腐蚀后的二值化图像并获得距离权重图;步骤S6:基于距离权重图,定位细胞位置和大小,获得圆形标签区域图;步骤S7:基于圆形标签区域图,从二值化图像中提取获得含有待分割细胞轮廓的图像;从含有待分割细胞轮廓的图像中获得非零像素点Px,y,将每一个非零像素点Px,y归类到细胞内接圆列表中的一个圆形中,获得聚类分割后的细胞轮廓图像;步骤S8:基于聚类分割后的细胞轮廓图像,获得聚类分割后的细胞轮廓图像中每一轮廓线的近圆率,获得近圆率的所有轮廓线,形成二次过滤后的细胞轮廓图像;所述步骤S6具体划分包括如下步骤,根据距离权重图,循环执行以下步骤:步骤S601:遍历距离权重图中所有像素,寻找并获得最大像素值,获得最大像素值的像素以及该像素的位置;步骤S602:若未设置细胞内接圆最小半径阈值,则设置;取值范围为;步骤S603:记录最大像素值的像素的位置和最大像素值到细胞内接圆列表中;步骤S604:在距离权重图中删除最大像素值的像素的位置,并进行非极大值抑制NMS;步骤S605:若最大像素值≥细胞内接圆最小半径阈值,则返回步骤S601继续执行,否则获得非极大值抑制完成后的细胞内接圆列表并退出循环执行步骤S606;步骤S606:若非极大值抑制完成后的细胞内接圆列表为空,则结束;若非极大值抑制完成后的细胞内接圆列表不为空,非极大值抑制完成后的细胞内接圆列表中保存有圆形的信息包括圆心和半径,基于圆形的信息绘制所有的圆形并获得圆形标签区域图,执行步骤S7。

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