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申请/专利权人：南京理工大学

摘要：本发明公开了一种筛选CB[7]主客体体系代表性构象的MDQMCSM方法。所述方法先分别计算主体分子和客体分子的拓扑结构和RESP电荷，采用Gaussview和Autodock分子对接对主客体复合物构建四种不同取向的初始构象，扩大搜索构象空间，之后对各初始构象进行MD模拟，通过聚类分析，筛选出优势构象，再使用QMCSM方法计算获得优势构象的复合自由能，选取最稳定的优势构象的计算值，与实验数据对比分析，确定为代表性构象。本发明能准确的筛选各CB[7]复合体系的代表性构象，获得主客体的复合自由能，计算得到的复合自由能与实验值之间有很好的线性相关性，R2＝0.98，变化趋势与实验值一致。

主权项：1.筛选CB[7]主客体体系代表性构象的MDQMCSM方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1，将主体分子CB[7]采用GAFF力场，得到CB[7]的拓扑结构和在HF6-31G*水平上计算得到RESP电荷；步骤2，将含氨基客体分子采用GAFF力场，得到客体分子的拓扑结构和在HF6-31G*水平计算得到RESP电荷；步骤3，将步骤1中经过电荷和拓扑计算后的主体分子与步骤2中经过电荷和拓扑计算后的客体分子，采用Gaussview构建两种不同取向的初始构象，并采用Autodock软件构建两种不同取向的初始构象，共构建四种不同取向的初始构象；步骤4，将四种不同取向的初始构象进行MD模拟，得到四条MD模拟轨迹，再调节阈值，对每条MD轨迹中的复合构象进行聚类分析和结构优化，从而筛选出每条轨迹复合物优势构象；同时，分别对步骤1中的主体分子和步骤2中的客体分子进行MD模拟，调节阈值，进行聚类分析和结构优化，筛选出单独主体分子和单独客体分子优势构象，用于后续单独主体分子和单独客体分子的QMCSM计算；步骤5，对步骤4得到的每条轨迹复合物优势构象进行QMCSM计算，筛选出最稳定的复合物优势构象，QMCSM计算方法具体如下：1移除主客体复合物、主体分子和客体分子的优势构象中的水分子，采用ONIOM2方法分层优化，使用B3LYP6-31Gd方法优化客体分子，使用半经验PM6方法优化CB[7]，采用QMCSM方法计算真空复合自由能；2使用PCM方法计算溶剂效应，将移除水分子的优势构象在M062X6-31Gd,p基组上进行计算，获得溶剂效应；3将真空复合自由能与溶剂效应相加得到溶液中总的复合自由能；步骤6，对步骤5得到的最稳定的复合物优势构象的计算结果与实验值进行对比，将计算的复合自由能与实验值进行线性相关性分析，如果该主客体体系的相对稳定性实验结果一致，且计算值与实验值有良好的线性相关性，则最稳定复合物优势构象即为该体系准确的代表性构象；如果该主客体体系的相对稳定性与实验结果不一致，或者计算值与实验值没有良好的线性相关性，则返回进行步骤3。

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百度查询： 南京理工大学 筛选CB[7]主客体体系代表性构象的MD/QM/CSM方法