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申请/专利权人：浙江理工大学
摘要：本发明公开了一种基于原始电流和注意力模型的Nanopore测序数据纠错方法。本发明包含以下步骤：首先，根据Nanopore原始测序数据进行比对后，获取Nanopore原始测序数据中所有碱基序列的错误碱基信息和正确碱基信息；结合滑动窗口对所有碱基序列进行特征提取后，获得各碱基序列对应的错误碱基特征集合，进而构建训练样本集；接着训练并获得不同模式的预测模型，最后对待测碱基序列预处理后再输入到预测模型并获得预测结果，根据获得的预测结果对待测碱基序列纠正。本发明通过引入Transformer模型对纳米孔测序数据进行纠错，充分利用原始电流信号中的信息，提升测序数据的准确性和可靠性。
主权项：1.一种基于原始电流和注意力模型的Nanopore测序数据纠错方法，其特征在于，包括以下步骤：S1：利用测序分析软件对Nanopore原始测序数据进行比对后，获取Nanopore原始测序数据中所有碱基序列的错误碱基信息和正确碱基信息；S2：基于碱基序列的错误碱基信息，利用滑动窗口分别对所有碱基序列进行特征提取后，获得各碱基序列对应的错误碱基特征集合；S3：对各碱基序列对应的错误碱基特征集合进行编码后，获得各碱基序列对应的编码特征集合并组成训练样本集；S4：根据错误碱基特征的碱基组成模式搭建不同碱基组成模式对应的预测模型，再利用训练样本集对不同碱基组成模式的预测模型进行训练后获得训练好的预测模型；S5：利用滑动窗口对待测碱基序列进行序列的滑动分割后生成多条碱基子序列，进而生成对应的编码序列，按照碱基子序列的碱基组成，将多条碱基子序列对应的编码序列输入到对应的预测模型中，模型输出预测结果，根据获得的预测结果对待测碱基序列纠正。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 浙江理工大学 基于原始电流和注意力模型的Nanopore测序数据纠错方法
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