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染色体拓扑关联结构域的预测方法及预测系统 

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申请/专利权人:中南大学

摘要:本发明公开了一种染色体拓扑关联结构域的预测方法,包括获取基因组区块之间互作矩阵中每个基因组区块并识别得到高频互作区;针对每个基因组区块从高频互作区中识别准核:处理每条染色体上识别的准核得到互不重叠的准核;对一条染色体上互不重叠的准核进行合并得到要预测的染色体拓扑关联结构域的核;确定附件候选区中每个基因组区块的从属关系并结合染色体拓扑关联结构域的核得到最终预测的染色体拓扑关联结构域。本发明还公开了一种实现所述染色体拓扑关联结构域的预测方法的预测系统。本发明充分利用Hi‑C数据的全局信息,缩减候选边界定位的范围,无需用户给出预定义参数,能够准确预测拓扑关联结构域,可靠性高、准确性好且效果较好。

主权项:1.一种染色体拓扑关联结构域的预测方法,其特征在于包括如下步骤:S1.获取基因组区块之间的互作矩阵中每个基因组区块,并采用聚类算法识别得到对应的高频互作区;S2.针对每个基因组区块,从对应的高频互作区中判断并识别是否存在以该基因组区块为中心的准核:若高频互作区存在以该基因组区块为中心的准核,则继续进行后续步骤;若高频互作区不存在以该基因组区块为中心的准核,则对该高频互作区进行拆分后再重新判断和识别准核,直至拆分后的区域不包含基因组区块;S3.对每条染色体上识别的准核,根据两两相邻准核之间的关系进行处理,得到互不重叠的准核;S4.根据各个准核之间的相关性,对一条染色体上互不重叠的准核进行合并,并将合并后的核作为要预测的染色体拓扑关联结构域的核;S5.确定附件候选区中每个基因组区块的从属关系,结合步骤S4得到的染色体拓扑关联结构域的核,得到最终预测的染色体拓扑关联结构域。

全文数据:

权利要求:

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