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摘要:本发明公开了比较牛的膜辅因子蛋白基因表达水平的计算机装置、方法和计算机可读存储介质。本发明鉴定到一个荷斯坦牛16号染色体上的短串联重复序列TAAAAn,会显著影响牛的膜辅因子蛋白CD46基因的表达。不同eSTR基因型的个体CD46基因的表达量有较大差异。同时由于CD46基因的高表达通常与荷斯坦牛更强的抗病力相关联。因此,本发明通过该eSTR的基因型比较CD46基因的表达水平,可应用于制备鉴定或检测高表达奶牛的产品和荷斯坦牛育种和品质改良。
主权项:1.一种计算机装置,包括存储器、处理器及存储在存储器上的计算机程序,其特征在于,所述处理器执行所述计算机程序以实现如下步骤:S1)数据接收:接收待测牛基因组重测序数据;S2)基因型或多态性检测:分析待测牛基因组重测序数据中STR位点的核苷酸序列的长度;所述STR位点对应牛参考基因组ARS-UCD1.2的chr16:75377335-75377345;所述STR位点的重复序列单元为TAAAA;S3)结果输出:基于所述STR位点的核苷酸序列的长度,确定所述待测牛的STR位点基因型,根据STR位点基因型比较所述待测牛的膜辅因子蛋白CD46基因表达水平;所述STR位点基因型为4.44.4和非4.44.4,所述4.44.4是两条同源染色体的所述STR位点的核苷酸序列长度均是22bp,所述STR位点的核苷酸序列均是5´-TAAAATAAAATAAAATAAAATA-3´的基因型,所述非4.44.4是两条同源染色体中至少一个所述STR位点的核苷酸序列长度不是22bp,两条同源染色体中至少一个所述STR位点的所述STR位点的核苷酸序列不是5´-TAAAATAAAATAAAATAAAATA-3´的基因型,STR位点基因型为4.44.4的待测牛的所述膜辅因子蛋白CD46基因表达水平高于STR位点基因型为非4.44.4的待测牛的所述膜辅因子蛋白CD46基因表达水平。
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百度查询: 中国农业大学 比较牛的膜辅因子蛋白基因表达水平的计算机装置、方法和计算机可读存储介质
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