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摘要:本发明涉及基于AI算法开发高亲和力捕获抗体EpCAM的方法;包括:S1、构建初始DNA样本库;S2、测定初始DNA样本库亲和力;S3、初始DNA样本库亲和力的聚类分析;S4、构建扩增DNA样本库及扩增树;S5、基于AI算法的亲和力筛查;S6、确定目标DNA序列;S7、目标DNA序列测序;本发明对高亲和力组采用AI算法中常用的广度优先算法,对于低亲和力组采用AI算法中常用的洪水填充算法,可以将有限的资源投入到最有可能筛选出更高亲和力的支路中,保证了筛选效率。
主权项:1.基于AI算法开发高亲和力捕获抗体EpCAM的方法,其特征在于,包括以下步骤:S1、构建初始DNA样本库;构建人血浆的环境,以EpCAM蛋白琼脂糖微球为靶标,筛选出与EpCAM蛋白琼脂糖微球发生特异结合的DNA序列,得到初始DNA样本库,其中,表示发生特异结合的第个DNA序列,,为发生特异结合的DNA序列的总数量;S2、测定初始DNA样本库亲和力;测定初始DNA样本库中的DNA序列的亲和力,其中,表示发生特异结合的第个DNA序列的测定亲和力;S3、初始DNA样本库亲和力的聚类分析;采用聚类分析的方法,将初始DNA样本库中的DNA序列的亲和力进行数值聚类分析,得到高亲和力组和低亲和力组,其中,和分别为高亲和力组和低亲和力组的DNA序列的编号,均为自然数;S4、构建扩增DNA样本库及扩增树;对DNA样本库进行聚合酶链式反应扩增,并根据每次扩增的上下级关系构建扩增树;具体包括:S41、对首轮DNA样本库进行聚合酶链式反应扩增,对扩增产物进行分离、变性、过滤和纯化;S42、在人血浆的环境下,以EpCAM蛋白琼脂糖微球为靶标,筛选出与EpCAM蛋白琼脂糖微球发生特异结合的DNA序列,得到第二轮DNA样本库;S43、参照步骤S41和步骤S42,执行N次扩增和筛选,得到第N轮DNA样本库;S44、根据初始DNA样本库至第N轮DNA样本库的扩增来源关系,构建扩增树;所述扩增树分为高亲和力分支和低亲和力分支;S5、基于AI算法的亲和力筛查;基于AI算法对扩增树的各分支测定亲和力;具体包括:S51、所述高亲和力分支采用广度优先算法进行筛选;具体包括:S511、在高亲和力分支中,对于一个上级支路的第一条下级支路,测定其亲和力;S512、若该第一条下级支路的亲和力高于该上级支路的亲和力,则将该第一条下级支路确定为“可探索支路”,继续对其进行再下级支路的亲和力测定;S513、若该第一条下级支路的亲和力不高于该上级支路的亲和力,则将该第一条下级支路确定为“中断”,停止对其进行再下级支路的亲和力测定,而返回该上级支路,对该上级支路的第二条下级支路进行亲和力测定;S514、循环执行步骤S511、步骤S512和步骤S513,直至完成对高亲和力分支中的所有“可探索支路”的亲和力测定;S52、所述低亲和力分支采用洪水填充算法进行筛选;具体包括:S521、在低亲和力分支中,测定第二轮DNA样本库的每一个DNA序列的亲和力;S522、选取第二轮DNA样本库中亲和力最高的支路,测量该亲和力最高的支路的下一轮DNA样本库中的每一个DNA序列的亲和力,并确定亲和力最大的支路;S523、依次选取后续轮次DNA样本库中亲和力最高的支路;S524、完成所有轮次的亲和力测定后,确定亲和力最大的DNA序列S6、确定目标DNA序列;选取亲和力测定值最高的DNA序列作为目标DNA序列;S7、目标DNA序列测序;对步骤S6中选取的选取亲和力测定值最高的DNA序列进行测序。
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