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申请/专利权人：广州燃石医学检验所有限公司

摘要：本公开提供了对癌症患者进行预后的方法，其涉及基于患者的癌症组织样本和癌旁组织样本的基因组中甲基化差异预测患者的复发风险和或存活。本公开还提供了用于对癌症患者进行预后的系统和设备。

主权项：1.甲基化检测模块在制备用于对非小细胞肺癌患者进行预后的系统中的用途，所述甲基化检测模块配置为通过高通量测序检测来自所述患者的癌症组织和癌旁组织的基因组的至少500个选自表1的区域中的甲基化水平，所述区域覆盖基因组的0.4M-0.5M的区域，所述系统配置为执行以下方法：a.通过高通量测序检测来自所述患者的癌症组织和癌旁组织的基因组的一个或多个区域中的甲基化水平；b.确定所述甲基化水平在所述癌症组织和所述癌旁组织之间的差异；和c.使用所述甲基化水平的差异信息，通过数学建模的方法对所述患者进行预后，其中所述甲基化水平在所述癌症组织和所述癌旁组织之间的差异越小，指示所述患者的预后越差；所述方法包括：a.通过高通量测序检测来自所述患者的癌症组织和癌旁组织的基因组的一个或多个区域中的甲基化水平；b.确定所述癌症组织和癌旁组织中的差异甲基化区块DMB，包括：b1.对于检测的区域内的每个CpG位点，将覆盖该位点的读段中发生甲基化的个数记为M，未发生甲基化的个数记为U；b2.将相邻的CpG位点进行组合并定义为甲基化区块MB；将患者的第i个MB中所有CpG位点上的M相加，记为Mi；所有U相加，记为Ui；总覆盖为Ni＝Mi+Ui，甲基化水平为βi＝MiNi；b3.对于第i个MB，将癌症组织中的甲基化水平记为βiT＝MiTNiT，将癌旁组织中甲基化水平记为βiA＝MiANiA，其中将βiT值和βiA值存在显著差异的MB确定为DMB；c.对所述患者进行预后，包括：c1.引入指示所述患者的癌旁组织和癌症组织的甲基化水平的相似程度的参数α并通过以下算法计算患者的α值： 其中0＜α＜1且α取值越大指示所述相似程度越高，其中f·,g·,h·分别表示癌旁组织的甲基化水平的条件分布，癌症组织的甲基化水平的先验分布和基线甲基化水平的先验分布， 表示先验分布的参数族；c2.在0＜α＜1的范围内使用极大似然估计算法计算参数估计并通过fisher信息矩阵计算参数估计的方差 c3.计算每一位患者癌旁组织零假设α＝0的p值，其中，p值越小指示所患者的预后越差。

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