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申请/专利权人：温州医科大学
摘要：本发明提供了一种转录本注释方法以及筛选长非编码RNA和内源逆转录病毒来源长非编码RNA的方法，属于生物信息学领域，为了提供精准和完整的转录本，得到表达量较低、重复序列来源的长非编码RNA，本发明提供了一种转录本的注释方法，RNA测序和小RNA测序数据结合注释转录本，得到完整精准的转录本信息，提供更精准的长链非编码RNA注释，准确获取长链非编码RNA的表达信息，本发明应用在筛选长非编码RNA和内源逆转录病毒来源长非编码RNA，筛选得到新预测长非编码RNA2,711条，其中内源逆转录病毒来源长非编码RNA占59.3％。
主权项：1.一种转录本的注释方法，其特征在于，所述的注释方法的具体步骤包括：1对RNA测序和小RNA测序的下机数据进行去接头处理获得有效数据；2对步骤1中得到的有效数据按照质控标准进行数据质控，得到符合标准的有效数据；3分别将步骤2中得到的符合标准的有效数据与参考基因组进行比对拼接，获得对比结果文件；4把步骤3中得到的对比结果文件，以MAPQs值作为筛选标准筛选转录本；5将步骤4中得到的转录本进行定量分析，获得定量结果文件，以Fpkm值作为筛选标准进行筛选，得到完整转录本；步骤1中采用trim_galore或cutadapt软件得到有效数据；步骤2中所述的质控标准为：1每一个碱基的测序质量得分不低于20；2每一条序列的鸟嘌呤胞嘧啶含量符合正态分布，偏差不超过15％；3测序结果中不确定碱基的含量不超过5％；4每一个读长的测序长度保持一致；5序列的重复性不超过20％；采用FastQC软件分析得到符合标准的有效数据；步骤3采用hisat2、bowtie2、tophat2或subjunc软件分析得到对比结果文件；步骤4中所述的筛选标准是MAPQs大于10；步骤5中所述的筛选标准是Fpkm大于0.5。
全文数据：
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百度查询： 温州医科大学 一种转录本注释方法以及筛选长非编码RNA和内源逆转录病毒来源长非编码RNA的方法
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