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一种特定R-loop结构的检测方法以及检测试剂盒 

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申请/专利权人:中国人民解放军海军军医大学第三附属医院

摘要:本发明公开了一种特定R‑loop结构的检测方法DRIRP以及检测试剂盒,该方法包括如下步骤:步骤一,提取基因组DNA;步骤二,采用S9.6抗体进行R‑loop结构抗体结合,磁珠吸附,洗涤、洗脱,得到细胞整体R‑loop样本;步骤三,针对特定的目标R‑loop结构设计靶向探针;步骤四,于变性后的细胞整体R‑loop样本中加入预处理后的靶向探针,杂交、变性、杂交,磁珠吸附,洗涤、洗脱,纯化得到ssDNA片段,并进行文库构建;步骤五,对构建的文库进行测序处理,并进行分析。本发明的方法针对RNA的特异性片段设计与之互补配对的寡核苷酸探针,该探针能够识别特定RNA并对目标RNA以及其所形成的R‑loop结构进行特异性的富集,从而能够实现对单个或多个特定RNA形成的R‑loop结构进行针对性检测以及高通量测序。

主权项:1.一种特定R-loop结构的检测方法,其特征在于,包括如下步骤:步骤一,提取基因组DNA,进行预交联;步骤二,对基因组DNA进行超声破碎或酶切片段化,获得大小介于250bp左右的片段;步骤三,采用S9.6抗体进行R-loop结构抗体结合,磁珠吸附,洗涤、洗脱,得到细胞整体R-loop样本;步骤四,针对特定的目标RNA形成的R-loop结构设计靶向目标RNA的探针;步骤五,于变性后的细胞整体R-loop样本中加入预处理后的靶向探针,杂交、变性、杂交,磁珠吸附,洗涤、洗脱,纯化得到ssDNA片段,并进行文库构建;步骤六,对构建的文库进行测序处理,并进行分析。

全文数据:

权利要求:

百度查询: 中国人民解放军海军军医大学第三附属医院 一种特定R-loop结构的检测方法以及检测试剂盒

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