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申请/专利权人：中国科学技术大学
摘要：本发明提供以给定蛋白质主链结构为目标的氨基酸序列设计方法。本发明的方法只使用环境残基的侧链类型作为编码器的输入，序列设计过程中只需要更新侧链类型，不需要重构和优化侧链构象，显著降低了序列设计问题的复杂度，因而可以简单的用迭代的方法来优化全序列。所获得的序列折叠成目标结构的成功率高，结构稳定性高。
主权项：1.以给定蛋白质主链结构为目标的氨基酸序列设计方法，其特征在于，所述方法包括：a.用深度学习神经网络编码器将单个中心氨基酸残基的局部环境编码为一实值向量，所述编码器的输入包括中心残基的局部环境，所述局部环境包括中心残基的主链构象，以及与中心残基空间邻近的残基的如下特征：相对于中心残基的位置和取向，相对于中心残基的序列位置和侧链类型；b.用神经网络解码器对所述实值向量进行解码获得中心残基的侧链类型；c.用已知蛋白质序列结构数据对编码器-解码器进行预训练，训练的目标为恢复中心残基的天然侧链类型；d.从给定蛋白质主链结构出发，将所述预训练得到的编码器分别应用于不同中心残基，根据解码结果反复迭代更新中心残基的侧链类型，获得设计的序列。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 中国科学技术大学 以给定蛋白质主链结构为目标的氨基酸序列设计方法
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